PCR實驗室的壓差設置對于防止交叉污染至關重要。通常，PCR實驗室分為四個區域：試劑配制區、樣品處理區、核酸擴增區、產物分析區。這些區域應保持相對獨立，不能互通，且需遵循嚴格的單向流程，即只能從試劑配制區到樣品處理區，再到核酸擴增區，最后到產物分析區。

壓差設置上，一般遵循以下原則：

· 試劑配制區：設為微正壓區域，通常設定為正壓，如+15Pa，以防止外部空氣進入造成污染。

· 樣品處理區：同樣設為微正壓區域，但壓力略低于試劑配制區，如+10Pa或+5Pa，以防止含核酸的氣溶膠從試劑配制區進入。

· 核酸擴增區與產物分析區：設為微負壓區域，如-5Pa至-20Pa，以防止含核酸的氣溶膠擴散出去污染試劑與樣品。

緩沖間的壓差設置也至關重要，以確保實驗室內外空氣的有效隔離。常見的緩沖間壓差設置方式包括：

· 所有緩沖間相對于區域房間內外，自身保持正壓或負壓狀態。

· 緩沖間與實驗區保持一致的壓力梯度。