1.試劑準備區：該區域主要用于貯存試劑的制備、試劑的分裝和擴增反應混合液的準備，以及離心管、吸頭等消耗品的貯存和準備。此區域的空氣應流向標本制備區。

2.標本制備區：該區域主要用于核酸提取、貯存及其加入至擴增反應管。此區域的空氣應流向擴增反應混合物配置和擴增區。

3.擴增反應混合物配置和擴增區：該區域主要用于核酸合成、擴增、檢測。此區域的空氣應流向擴增產物分析區。

4.擴增產物分析區：該區域主要用于擴增片段的進一步分析測定。此區域為相對污染最嚴重的區域，其空氣不應流向其他區域。